Η λειτουργία του ΠΜΣ  διέπεται από τον Εσωτερικό Κανονισμό ο οποίος έχει συνταχθεί από τη Συντονιστική Επιτροπή του ΠΜΣ (ΣΕΜΣ) και έχει εγκριθεί από τη Γ.Σ.Ε.Σ. του Τμήματος.